Тошкент ҳайвонот боғини ривожлантириш концепцияси доирасида унга қўшни бўлган бошқа муассаса – ботаника боғининг 15 га ҳудуди ҳайвонот боғига қўшиб берилиши мумкин.
Тошкент ботаника боғи илк бора 1985 йилда ҳудудининг бир қисмидан жудо бўлганди. Ўшанда унинг 88 га ҳудудининг 24 га си ажратиб олинган эди. Кейинги йилларда жаҳоннинг энг яхши ботаника боғларидан бири бўлмиш Тошкент ботаника боғи Фанлар Академияси тизимидаги мустақил муассаса мақомини йўқотди. Дастлаб у ботаника институти таркибига қўшилди. Ботаника ва зоология институтлари қўшилгач, ботаника боғи ўсимлик ва ҳайвонот дунёси генофонди институти таркибига кирди.
2004 йили эса “Муҳофаза қилинувчи табиий ҳудудлар тўғрисида”ги қонунга мувофиқ ботаника боғи муҳофаза қилинувчи ҳудудлар сирасидан чиқарилди.
Ботаника боғининг бир қисмини ҳайвонот боғи фойдасига истеъмолдан чиқариш масаласи 2013 йилнинг апрелида Вазирлар Маҳкамаси томонидан кўриб чиқилган эди. Аммо бу иш амалга оширилмаганди. Энди ботаника боғи ҳудудини қисқартириш масаласи яна кўтарилмоқда.