Улюкаев 2016 йил ноябрида 2 млн доллар пора олаётган вақтда қўлга олинган. Бу  пуллар "Роснефт"га "Башнефт"га тегишли давлат улушини сотиб олишга имкон берувчи вазирлик хулосаси учун мўлжалланган. 

2017 йил январда Улюкаев уй қамоғига олинган ва Смоленск вилоятида унга тегишли бўлган 10 та ер майдони ва турар жойга тақиқлов қўйилган. Россия президенти Владимир Путин уни ишончни йўқотгани туфайли ўз лавозимидан бўшатган. 

Апрелда Москванинг Басман суди Улюкаевнинг уй қамоғи муддатини 15 июлгача чўзган ва унга кунига 2 соатдан сайр қилишга рухсат берган. Улюкаевнинг ўзи эса унга нисбатан енгилроқ жазо қўлланишини сўраган. У атеросклероз, қон босими билан азият чекиши сабабли саломатлиги рисоладагидек эмаслигидан шикоят қилган. Улюкаевнинг ҳимояси унга сайр қилишга рухсат берилишини талаб қилган, кейинроқ эса уни шифохонага ётқизиш кераклигини маълум қилган. 

Улюкаев Россиянинг замонавий тарихида коррупция учун ҳибсга олинган илк федерал вазир бўлди. У 15 йилгача озодликдан маҳрум этилиши мумкин.