По заказу Министерства инновационного развития ученые центра геномики и биоинформатики Академии наук впервые в Узбекистане расшифровали полные геномы коронавируса и провели биоинформатический анализ.
Как передает УзА, результаты были размещены и зарегистрированы в открытой базе геномных данных коронавируса – GISAID. Таким образом, Узбекистан вошел в число 50 стран, полностью секвенировавших у себя последовательность ДНК всех вариаций коронавируса.
Ученые центра геномики и биоинформатики взяли образцы у 62 граждан, у которых подтвердили первичное заражение в Ташкентском областном управлении санитарно-эпидемиологического благополучия и общественного здоровья и частной клинике BiogenMed. С помощью секвенатора нового поколения их 32 генома были проанализированы путем полного секвенирования, иначе говоря, была расшифрована их последовательность ДНК, то есть 29 тысяч нуклеотидов.
Ученые на основе ряда биоинформатических анализов (Nextclade) сравнили распространившиеся в Узбекистане вариации коронавируса с уже расшифрованными геномами вируса, депонированными в базу данных. В результате было выявлено место встречающихся в Узбекистане вариаций COVID-19 в «родословной». Так выяснилось, что циркулирующие в стране вариации COVID-19 относятся к группам GR (20B) и S (19B).
Если в группе GR (20B) вместе с Узбекистаном расположились в основном представители Европы, Азии, Африки и Австралии, то в группу S (19B) вошли азиатские и африканские геномы вируса. Это означает, что у вирусов этих двух групп, распространившихся в Узбекистане, не один и тот же источник.
Следует отметить, что впервые геномные данные вируса SARS-CoV-2 были идентифицированы в январе 2020 года в Китае. С тех пор были взяты образцы коронавируса со всего мира, и началось секвенирование геномов. Идентификация геномов необходима для проведения эпидемиологических исследований в локальном и глобальном масштабе, а эволюционный анализ вируса дает информацию о том, где он появился и каким мутациям подвергся. На основе этой информации и создается вакцина.
Данные о вариациях коронавируса, распространившихся в Узбекистане, крайне важны для разработки национальной вакцины, направленной против встречающихся в стране штаммов. Выявление последовательностей ДНК полных геномов циркулирующих в Узбекистане вариаций COVID-19 и их сравнительный анализ с мировой базой данных стали большим шагом в постоянном мониторинге изменчивости вируса в условиях Узбекистана.
Кроме того, это является одним из первых результатов больших возможностей, создаваемых в последние годы для отечественных ученых.
