Самарқанд давлат университети номланишидан Алишер Навоий номи олиб ташланди. Эндиликда СамДУ "Самарқанд давлат университети" деб номланади, деб айтилмоқда Ўзбекистон Вазирлар Маҳкамасининг 24 майда қабул қилинган қарорида. Бу ҳақда lex.uz да маълум қилинди.   

Бундай қарорнинг қабул қилиниши Алишер Навоий номидаги Тошкент давлат ўзбек тили ва адабиёти университети очилиши билан боғланган. Янги олий таълим муассасаси Ўзбекистон Президенти Ислом Каримовнинг 13 майдаги фармони билан ташкил этилди.

СамДУ тарихи 1927 йилдан бошланади. Ўшанда Самарқандда Ўзбек педагогик институти очилган. 1930 йилда таълим даргоҳи Ўзбек давлат педагогика академиясига қайта номланган. 1933 йилда академия ва Ўзбек давлат тиббиёт институти негизида Ўзбек давлат университети ташкил этилган. 

ОТМ маълумотларига кўра, Ўзбек давлат университети 1941-1944 йилларда Тошкент давлат университети билан вақтинчалик бирлаштирилган. 1944 йилдан университет ўз фаолиятини яна Самарқандда давом эттирган. 1960 йилда Ўзбек давлат университети Алишер Навоий номидаги Самарқанд давлат университетига қайта ўзгартирилган.