В июле-августе 2021 года был прочитан полный геном коронавируса SARS-CoV-2, выделенного от 39 больных средней и тяжелого течения в Узбекистане.
Полный анализ генома клинических изолятов SARS-CoV-2 выявил в общей сложности 223 вариации на уровне нуклеотидов (SNP), из которых 34 были делециями, сообщили в пресс-службе Министерства инновационного развития.
Кроме того, были идентифицированы 2 ранее неопубликованные новые мутации, а именно мутации A85P и Y479N в неструктурированных белках Nsp13 и Nsp12. Мутация D614G обнаружена в S-белке всех изолятов.
Варианты SARS-CoV-2 в клинических изолятах проанализированы с помощью Nextstrain. Согласно результатам, наиболее распространенными вариантами в Узбекистане в июле-августе 2021 года являлись штаммы Дельта (82%), Альфа (10,3%) и 20А (7,7%).
По карте географического распространения штамм Delta можно разделить на группы России, Дании, США, Египта и Бангладеш. Стало известно, что обмен аминокислот ORF7a:P45L в дельта-штаммах играет важную роль в более тяжелом течении заболевания.
Настоящее исследование показало, что новая фаза рестабилизации Nsp13: A85P и Nsp12: Y479N, неправильное изменение ORF7a: P45L связано с тяжелым прогрессированием заболевания.
Геномные последовательности 39 секвенированных изолятов зарегистрированы в международных базах данных NCBI, GISAID.
Результаты были успешно опубликованы в научном журнале PLOS ONE.
