Музаффар Комилов является специалистом с большим опытом в сферах государственного управления, религиозно-просветительской деятельности и системы образования. В разные годы он работал на ряде ответственных должностей. В частности, занимал должность первого заместителя председателя Комитета по делам религий при Кабинете министров.
Также он работал начальником управления в системе Министерства высшего и среднего специального образования, занимал должности проректора в Ташкентском государственном институте востоковедения и Ташкентском государственном экономическом университете.
Начиная с 2022 года Комилов также работал советником президента Узбекистана по вопросам сотрудничества с общественными и религиозными организациями.
Кроме того, он занимал должность ректора Международной исламской академии Узбекистана и руководил работой в сфере религиозно-просветительского образования и научных исследований.
